Johan Skytte poliitikauuringute instituudis tehtav teadustöö hõlmab nii politoloogia põhivaldkondi kui ka regiooniuuringuid. Peamised uurimissuunad on:
Instituut on Euroopa Poliitikauuringute Konsortsiumi (ECPR) liige.
E-valitsemise ja avalike digiteenuste ERA õppetool (ECePS), mis on e-valitsemise, avalike digiteenuste ning andmetepõhise avaliku sektori innovatsiooni teadusrühm.
Venemaa ja Euraasia uuringute keskus (CEURUS), mis koondab eksperte Venemaa, Euraasia ja Ida-Euroopa suhete uurimiseks.
IT mõju-uuringute keskus (CITIS), mis tegeleb avalike e-teenuste majanduslike, poliitiliste ja ühiskondlike mõjude hindamisega.
De facto riikide uurimisrühm, mis pakub ekspertiisi “riikide” kohta, mida maakaardilt ei leia.
Uurimisrühm rahvaste enesemääramises, mille teadustöö keskendub rahvaste enesemääramise idee ajaloole valgustusest külma sõja lõpuni.
V-Dem regionaalne keskus ehk V-Dem Ida-Euroopa ja Venemaa regionaalne keskus uurib demokraatiat postkommunistlikes ühiskondades.
Tartu Ülikooli Ukraina keskus (UTUC) koondab asjatundjaid ja ühendab jõupingutusi Ukraina rahva turvalise ja demokraatliku tuleviku loomiseks.
Küberpoliitika keskus koondab ülikooli eri teaduskondi ja instituute mitte-tehnilistes kübervaldkonna teemades