Johan Skytte poliitikauuringute instituudi nooremteadurite peamised uurimissuunad on rahvusvahelised suhted, võrdlev poliitika, poliitikateooria, Venemaa ja Euraasia, Baltimaad ja Euroopa Liit, e-valitsemine, valitsemine ja avalik haldus.
Kõik instituudis kaitstud doktoritööd on leitavad Eesti Teadusinfosüsteemis (ETIS).